ФГУ «Балтводхоз» создано на основании приказа Министерства природных ресурсов Российской Федерации от 29.11.1999г № 251 и в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 31.12.2004г № 1745-р находится в ведении Федерального агентства водных ресурсов.
Учреждение занимается изучением, рациональным использованием и охраной водных ресурсов, восстановлением водных объектов, предупреждением и ликвидацией вредного воздействия вод в бассейнах рек впадающих в Балтийское море и др. на территории Санкт-Петербурга и Ленинградской области, Калининградской, Новгородской и Псковской областей и на иных территориях Российской федерации по указанию Учредителя.
ФГУ «Балтводхоз» оказывает информационные услуги по вопросам состояния и использования водных объектов и их водных ресурсов, технического состояния гидротехнических сооружений и водохозяйственных систем. Участвует в разработке и реализации природоохранных мероприятий, международных проектов и программ.
Учреждение занимается предпринимательской деятельностью в сфере водного хозяйства:
рассматривает представленные материалы о проведении строительства, дноуглубительных и взрывных работ, работ по добыче полезных ископаемых, прокладке кабелей, трубопроводов и других коммуникаций, буровых, сельскохозяйственных и других работ на водных объектах и в их водоохранных зонах (прибрежных защитных полосах) и готовит соответствующее заключение (справку); подготовка пакетов документов и материалов для оформления права пользования водными объектами (Договоры, Решения); разработка НДС (нормативы допустимого сброса); разработка Программ регулярных наблюдений за водным объектом и его водоохраной зоной; разработка схем размещения узлов учета водопотребления и водоотведения; подготовка сведений о состоянии водного объекта и качества воды в водном объекте.
Средне списочная численность работников 78 работников.
